Die strategische Führung des TBI liegt beim Bildungsrat der katholischen Kirche der Deutschschweiz.

Die betriebliche Führung liegt beim Verein Theologisch-pastorales Bildungsinstitut der deutschschweizerischen Bistümer mit Sitz in Zürich. Darin sind vertreten die Bistümer Basel, Chur, Lausanne-Genf-Freiburg, Sitten und St. Gallen, die Römisch-katholischen Landeskirchen der Kantone Aargau und Luzern, der Katholische Konfessionsteil des Kantons St. Gallen, die Römisch-katholische Körperschaft im Kanton Zürich sowie die Interdiözesane Vereinigung theologiekurse.ch. Organe des Vereins sind die Delegiertenversammlung und der TBI-Vorstand.

Das TBI wird über Kursbeiträge sowie einen regelmässigen Betriebsbeitrag der Römisch-Katholischen Zentralkonferenz RKZ der Schweiz finanziert.